Da es noch unklar ist, wie die verschiedenen Maushamster miteinander verwandt sind, gibt es unterschiedliche Angaben.
Manche Wissenschaftler gehen davon aus, das es sechs Arten gibt:
- den Afghanischen Maushamster
- den Urartu- Maushamster
- den Echten Maushamster
- den Tsolov- Maushamster
- den Belutschischen Maushamster
- den Hotson-Maushamster
Andere glauben, dass es nur eine Art mit sechs Unterarten gibt. Sie nennen den Maushamster mit wissenschaftlichem Namen dann Calomyscus bailwardi.