Sind Stachelschwanzwarane in Paarungsstimmung, verfolgt das Männchen das Weibchen und züngelt dabei ständig.
Bei der Paarung kann das Männchen ziemlich grob mit dem Weibchen umgehen und dieses manchmal sogar verletzen.
Vier Wochen nach der Paarung wird das Weibchen immer dicker. Schließlich legt es zwischen fünf und zwölf Eier ab, manchmal sogar 18. Sie sind etwa zweieinhalb Zentimeter lang. Züchtet man die Tiere, werden die Eier bei 27° bis 30° C ausgebrütet.
Nach etwa 120 Tagen schlüpfen die Jungen. Sie sind gerade einmal sechs Zentimeter lang und wiegen dreieinhalb Gramm. Mit etwa 15 Monaten werden sie geschlechtsreif.
Im Terrarium kann ein Stachelschwanzwaran-Weibchen zwei- bis dreimal im Jahr Eier legen.